"Sample collection for metabarcoding" Summary

vendredi 5 juin 2015
par  Aurélien DE JODE, Dorian GUILLEMAIN, Romain DAVID
popularité : 2%

NOT YET OPEN TO VALIDATION
Index of "Sample collection for metabarcoding"
1. Principle
2. Method
3. Sampling
4. Deliverables
5. To summarize
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How to cite this content :

David R., Arvanitidis C., Çinar M.E., Dubar J., Dubois S., Erga Z., Guillemain D., Sartoretto S., Thierry de Ville d’Avray L., Zuberer F., Chenuil A., Féral J.-P., (2014), with contributors : Açik Çinar S., Andral B., Aurelle D., Aysel V., Bakir K., Bellan G., Bellan-Santini D., Bouchoucha M., Celik C., Chatzigeorgiou G., Chatzinikolaou E., Chenesseau S., Dağli E., Dailianis T., Dimitriadis C., D’Iribarne C., Doğan A., Dounas C., Egea E., Elguerrabi W., Emery E., Evcen A., Faulwetter S., Gatti G., Gerovasileiou V., Güçver S.M., Issaris Y., Katağan T., Keklikoglou K., Kirkim F., Koçak F., Koutsoubas D., Marschal C., Önen M., Önen S., Öztürk B., Panayiotidis P., Pavloudi C., Pergent G., Pergent-Martini C., Poursanidis D., Ravel C., Reizopoulou S., Rocher C., Ruiton S., Sakher S., Salomidi M., Sarropoulou E., Selva M., Sini M., Sourbes L., Simboura N., Taşkin E., Vacelet J., Valavanis V., Vasileiadou A., Verlaque M. Protocols for monitoring of coralligenous habitats of mediterannean (Coralligenous based Indicators to Evaluate and Monitor the "good ecological status" of the MEDiterranean coastal waters) Protocoles de suivi du coralligène en méditerranée (Coralligenous
based Indicators to Evaluate and Monitor the "good ecological status" of the MEDiterranean coastal waters).

Protocol « collect of samples for metabarcoding x 4 »



Method :



  • 32 scraping : 4 replicates
    - 2 profiles
    - 2 orientation of the site?
    - 2 depths : 28 m and 43 m
  • Method :
    - 10 cm x 10 cm quadrats
    - 4 replicateseach at 1 m from a central point in a zone of a given relatively homogeneous facies.
    - Materialized by a 1m long tube moved to determine each scraping quadrat.
    Expected results



    - 96 scraping samples (minimum) + 32 per additional site

    - Typology of labelling of photo-quadrats :

    [program]_[site]_[date] _D[depth]_[profile?]_[position]_[doer]

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- Deadline : 14th December 2015
- Please add comments for each paragraph (§) by means of a corrected new version (one form per §)
- It is recommended to add scientific references if necessary

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