Les thèmes de recherches de Didier AURELLE se centrent sur l’évolution et la génétique des populations^? des organismes marins. L’objectif est de comprendre quels facteurs influent sur la structure génétique des espèces marines. Didier travaille maintenant sur les processus adaptatifs qui façonnent la structure des populations dans différentes conditions environnementales et sont potentiellement impactées par les changements climatiques. Son modèle principal est les octocoralliaires : Corallium rubrum, Paramuricea clavata, Eunicella cavolinii et E. verrucosa. Il a aussi travaillé sur les téléostéens